Divers indices indiquent que le site d'Angkor a été habité depuis les temps préhistoriques. Ainsi, par exemple, le Bakheng aurait été construit sur un site datant de l'âge du fer. Cette longue occupation a laissé le temps à l'homme de détruire toute la forêt primaire originelle.
A Angkor comme ailleurs, les khmers utilisaient le bois pour construire maisons et palais. Les temples étaient les seuls monuments en dur. Mais ils avaient des plafonds de bois, aujourd'hui totalement disparus, et du bois était nécessaire pour leur construction. La consommation d'arbres devait être gigantesque.
Le site lui même, ne serait ce que par les déplacements de la capitale, la construction des barays et les besoins de consommation en bois d'une population qui a été évaluée à plus de 700 000 personnes, a certainement été entièrement déforesté sur une vaste profondeur dés le 12 éme siècle.
La ville ayant été progressivement abandonnée à partir de 1432, la forêt tropicale a vite repris ses droits. Le premier visiteur-écrivain occidental des temps modernes, Mouhot en 1860, laissa des descriptions dithyrambiques de temples envahis par la jungle, ses lianes et ses arbres immenses.
Le premier et long (25 années) travail de la Conservation d'Angkor se rapprochait plus du bûcheronnage-déblayage que de l'archéologie. Après les périodes khmère rouge puis vietnamienne, l'UNESCO dut encore recommencer. Risques de mines obligeant, les temples furent largement dégagés au bulldozer sur plusieurs dizaines de mètres....
Conformément à la volonté des pionniers de la Conservation, seul le temple de TA PROHM fut laissé " en l'état de nature ", laissant admirer quelques immenses fromagers dont les racines enserrent les murs du temple. Mais ces arbres posent problèmes, car trop vieux et trop grands, ils risquent d'entraîner des dégâts considérables lors de leur chute prévisible. Il est fortement question de les abattre à titre préventif... Compte tenu des pratiques récentes d'abattage systématique de la forêt, (en octobre 1996, on a encore surpris des militaires en train d'abattre des arbres contre une des portes d'Angkor Thom) la région d'Angkor n'est définitivement plus une forêt. Il reste juste le strict nécessaire autour des temples pour faire illusion auprès du touriste.
Le système de végétation de la région du Grand Lac est extrêmement complexe et se compose, en allant du lac vers l'extérieur :
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Il est aujourd'hui certain que la destruction progressive par l'homme de la forêt inondée a donné naissance à la pire des catastrophes qui pourrait frapper le Cambodge : la sédimentation et sa conséquence finale, l'assèchement du Grand Lac.